资料统计，已知◆化合物中约80%的化合物是亲水性强、挥发性低的有机物，热不稳定化合物及生物大∴分子，这些化合物的分析蕞适合于液○相色谱，当然毛¤细管电泳也可以，只不过毛细管电泳的毛细管中无填料，因此“变数”较少，适应的复杂体系也较少，远不及液相色【谱使用得广泛。当和质谱联用卐时，液相色谱的流动相适合于流入质谱，LC-MS成为该类化合物质谱联用分析的主流；毛细管电泳的流动相中常加入缓冲盐，对于质谱∑　不太友好，此外还需※考虑毛细管出口端维持电泳的电流通路同时又可以进◥行电喷雾，由于“变数”少，接口较困难，因此CE-MS一直没有LC-MS应用得广泛。

液相▆色谱的构造分为5大部分：进样部分（手动进样或▼自动进样），驱动液体流动的色谱泵，主导分离的色谱柱（有〖些配柱温箱），检测器、数据采集和分析系①统。当同←质谱联用时，质谱成为液相色谱的检测器，而为了同步数据采集及分析，色谱厂商通常开放ω　接口，让质】谱厂商的软件来控制液相色谱的进样和分离，数据分析也交给质谱厂商。

液相色谱◎结构图

在LC-MS联用时，通常在色谱柱前端加装短的↓保护柱来延长色谱柱寿命。若固定相使用未经修饰的氧化硅颗粒或修饰其它高极性物质，如氨基或√氰基，则成为正相色谱，适合分析极性较强的分析物，洗脱时可通◤过调配极性差异大的两种流动相溶液（如水和★乙腈）比例，而得到适当极性的单一流动相溶液进行等度洗脱。在复杂样◤品中，若■要获得更佳的分离度，可以使用极性差异大的两种流动相溶液（如水和乙腈）进行梯度△洗脱。若固定相为经过ㄨC18、C8或苯基柱，则称为反相色谱，适≡合分析低极性的化合物，亦可以进行等度或梯度洗脱。

在分析级液相色谱-质谱联用♂中，大都使用内径2.1mm或1mm的色谱柱，其流动相流速分别为约200~300 μL/min和50~75μL/min，有些情况下可使用4.6mm的色谱柱，其流动相◎流速为1mL/min，这时一般会在进入质谱前进行分流，让少部分进入质谱，而大部分分流后可进行回收。

超高效液相色谱分离时，固定相颗粒从↓5μm降至3μm与1.7μm以下，这时分＠离效率更高，但同时需要超高压液相泵（>400 bar或>6000psi），这时分离时间缩短到数分钟内且不损失分离效能。在超高效液相色々谱-质谱联用时，其色谱峰底宽约在数秒内，因此在质谱方法设定上，需适当调整扫描速度以获得足够质谱图数，从而完整描绘色谱♀峰。

纳升级流速LC-MS常用于蛋白质组学等复杂微量样品的分析。降低柱内径可以得到较低的死体积，同时柱效大□幅提高。例如，若原本用2.1mm的色谱柱分析样品，当转换至使用内径75μm毛细管柱且注入相同样品浓度时，理论上样品峰浓度将会增加至约784倍。因此使ㄨ用毛细管色谱柱对于电喷雾质谱仪（浓度灵敏〇检测器）的信号提升将非常显著。此时，达到较佳理论塔板数的Zui佳流速约♂为255 nL/min，理想№进样体积约24nL，这时需要更细微的注射器，不易实现。目前普遍的做法是，利用柱前端在线预浓缩方式，将微升级的样品体积浓缩在色谱柱的zui前端▲以缩小样品体积。另一方面，由于样品承载量减少，超载的样品量容易造成柱分离效率降低。为解决此问题，可在色谱分离柱的前端加』入一个捕集柱（Trap Column），捕集柱的功能包含了样品预浓缩与去除过多的样品量。为匹配纳升级流速，一般需要纳升电喷雾接口。商品化的纳升级流速LC-MS构建上，常使用一个六通阀连接捕▓集柱与分离柱，在捕集柱进行预浓缩时同时去除大部分样品中的盐类，浓缩后洗脱样品到分离柱进行样品分离。